Posted: 15.01.13 22:43. Post subject: Gyrodon lividus

Сегодня бродили по лесам за Бейт Шемешем. Было на удивление много серых рядовок, молодых и крепких, несмотря на сухую погоду. И совсем немножко маслят. Из интересного - попался пожилой подольшанник, до сих пор я их в Израиле не встречал.

 Posted: 15.01.13 23:35. Post subject: Довольно редкий редк..

Довольно редкий редкий гриб, всё ещё нужны фотографии этого вида для сайта и очень желательно передать свежий (или замороженный) образец в универ.

Гриб остался в лесу или есть возможность сфоткать с других ракурсов и передать в Хайфу (способ найдётся) ?
Есть ли еще возможность поехать на это место и найти такие грибы ?

 Posted: 16.01.13 07:33. Post subject: Да-да-да!!! Постарай..

Да-да-да!!! Постарайтесь найти еще такие. Сделать им хорошую фотосессию и передать на кафедру микологии в Хайфе, или же сохранить засушенными или замороженными.

 Posted: 16.01.13 08:31. Post subject: была такая мысль, но..

была такая мысль, но данный экзепляр совсем уж старый и гнилой был. это я его еще в удачном ракурсе снял. про запах вообще молчу но место запомнил 100%, будем искать :)

 Posted: 16.01.13 09:12. Post subject: Жалко, у нас нет инф..

Жалко, у нас нет информации о том, в какие месяцы нашего грибного сезона он растет.
А какой тип почвы там был? Каменистый сосновый лес, где обычно растут маслята, или что-то другое?

 Posted: 16.01.13 12:48. Post subject: Лес смешанный - дубы..

Лес смешанный - дубы, сосны, пихты. Рос он из под камня, как обычно растут маслята, неподалеку от молодых дубков. Из соседей там были млечники зональные и розовоногие сыроежки. Это лес к югу от Бейт Шемеша, около Захарии. Езжу туда не первый год, но подольшанник нашел впервые. Кстати, о местоположении, вроде была такая тема - сделать интерактивную карту лесов на сайте?

 Posted: 16.01.13 13:41. Post subject: В одной из статей Би..

В одной из статей Биньямини есть такая информация по поводу этого гриба: растёт группами на песчаной почве в лесах, собран 31.10.1992, локалитет - Sharon Plain (Ramat Hasharon).

Уважаемые грибники, если Вы находите какой-нибудь интересный болетальный гриб (в том числе мокрухи и свинухи) даже если он в не очень хорошем состоянии, пожалуйста, возьмите его для науки. Меня особенно интереуют грибы, похожие на те виды, которые были описаны с територии Израиля:Xerocomus silverii и Boletus reichertii. Ещё очень интересуют такие виды:Gyrodon lividus, Boletus appendiculatus, B. legaliae, B. torosus, Gyroporus cyanescens, Gomphidius glutinosus - то, что указано в официальной лит-ре для Израиля, но которых нет в нашем гербарии. Также на територии Израиля вполне могут произростать очень интрересные редкие виды, например Gomphidius mediterranensis (симбионт "земляничного дерева" Arbutus unedo), Phylloporus pelletieri (http://boletales.com/genera/phylloporus/p-pelletieri/), Rubinoboletus rubinus (http://boletales.com/genera/rubinoboletus/r-rubinus/), Aureoboletus gentilis (http://boletales.com/genera/aureoboletus/a-gentilis/), виды родов Buchwaldoboletus, Chalciporus и др.....
Я смогу подъехать за образцами в любую точку Хайфы, а если это - совсем что-то экстраординарное, то и в др. город. Я буду Вам очень благодарна, а также обязательно укажу Ваше имя как коллектора данного образца в своей дисертации, в статьях (с меня обязательно электронный или печатный вариант этих статей), в монографии по болетальным Израиля. Ещё раз хочу сказать огромнейшее спасбо всем тем, кто приносил мне образцы в этом году и брал с собой в экспедиции!!!

Искренне Ваша,
Алёна Бикетова (начинающий болетолог)

 Posted: 16.01.13 14:38. Post subject: Алена, привет Хотел ..

Алена, привет
Хотел спросить: вы используете PCR для идентификации Болетусов?
Если да, то на какие гены праймеры - на рРНК (rRNA)?

 Posted: 16.01.13 14:44. Post subject: Alona B. пишет: рас..

Alona B. пишет:

quote:

растёт группами на песчаной почве в лесах, собран 31.10.1992, локалитет - Sharon Plain (Ramat Hasharon).

Да, я тоже как-то читала эту статью, и видела, что несколько интересных видов грибов, вроде бы, найдены в районе Рамат А-Шарон. Это совсем в центре, недалеко от Тель-Авива, и, если честно, я не помню, чтобы там был какой-то лес! Там есть какие-то сады, дикая растительность, может, какие-то плантации - но вроде бы, в том районе нет лесов. Думала, может, это какая-то ошибка и в виду имелось какое-то другое место. Равнина Шарон простирается на довольно большую территорию, от района Кейсарии до Яффо.

 Posted: 16.01.13 15:47. Post subject: helga пишет: Да, я ..

Убеждён, что подразумевалось равнина шарон - так как ботаники выделяют её в одну из климатических зон.
Если я ошибаюсь то возможно мог подразумеваться маленький национальный парк (таасион ха-шарон) подле перекрёстка яркон

 Posted: 16.01.13 16:11. Post subject: Я пока использовала ..

Я пока использовала только праймеры для амплификации внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS), его очень часто используют для видовой идентификации грибов, водорослей, высших растений. ITS находится внутри кластера генов, кодирующих рРНК (18S рРНК, 5.8S рРНК, 28S рРНК), это - 2 некодирующие последовательности ITS1 и ITS2. Можете посмотреть подробную ин-фу по этому поводу: http://wheat.pw.usda.gov/ggpages/bgn/32/Sharma.htm
Сначала я выделяю ДНК из образцов, потом - с помощью термоциклера амплифицирую (нарабатываю много копий) нужный мне участок ДНК, ставлю электрофорез в агарозном геле, чтобы посмотреть, амплифицировалась ли данная нуклеотидная последовательность, потом провожу секвенирование - расшифровку этой последовательности (сиквенса). Расшифровку сиквенса получаю в виде последовательности 4-х "букв" - нуклеотидов (к примеру: AAATCGTGACCCTGC.........). Секвенатор подключен к компьютеру, где и записывается в виде букв полученная последовательность для каждого из образцов. Потом захожу на сайт NCBI в BLAST, скидываю полученную последовательность букв, и эта база данных выдаёт мне целый список аналогичных сиквенсов, полученных другими учёными и занесёнными ими в базу данных NCBI, в порядке убывания совпадений между моим и их сиквенсами. Необходимо учитывать авторитет учёных, которые получили эти сиквенсы. Они же тоже сначала определяли по морфологии свои образцы, а некоторые "молекулярные биологи-умельцы" могут такого наопределять, перепутать один вид с другим, получить некачественные сиквенсы.

Праймеры, которые я использовала, были специфичными к базидиальным грибам. Молекулярку использую как дополнительное средство для видовой идентификации образцов. Полученные сиквенсы буду использовать для построения филогенетических деревьев (показывают родство м/ж видами). Основной уклон - на микро- и макроморфологию, макро- и микрохимические реакции.

 Posted: 16.01.13 16:32. Post subject: Алена, спасибо! Т.е...

Алена, спасибо!
Т.е. пшеничные праймеры работают и на грибной рДНК
Этот ITS очень консервативен, очевидно..
Какие-то болетусовые гены есть в базе данных NCBI, стало быть
Успеха!

 Posted: 16.01.13 18:25. Post subject: Спасибо! Всё-таки, ..

Спасибо!
Всё-таки, на мой взгляд, рДНК - не совсем корректное понятие. Есть рРНК (рибосомальная РНК), а ДНК она и есть ДНК:))). Просто имеется ввиду участок ДНК, который содержит кластер рибосомальных генов (кодирует рРНК+ некодируемые участки ITS). Термином рДНК обозначают рекомбинантную ДНК.
Существуют разные ITS праймеры, они отличаются по своей специфичности. К примеру, если ITS праймеры специфичны к высшим растениям, то с грибной ДНК они работать не будут. А если это универсальные эукариотические праймеры, то они подойдут всем эукариотам. (Простите за тавтологию...).

 Posted: 16.01.13 19:33. Post subject: Алена, Вообще-то я ..

Алена,
Вообще-то я молекулярный биолог, ясно, что речь о генах рРНК (думаю, не стоит объяснять азы)
Просто Ваша ссылка была на статью по пшенице.
А Вы, значит, пользуете универсальные эукариотные праймеры?

 Posted: 16.01.13 19:35. Post subject: Wiki: rDNA may stand..

Wiki: rDNA may stand for:
ribosomal DNA
recombinant DNA
(sorry for zanudstvo)

 Posted: 16.01.13 20:44. Post subject: Алёна, добро пожалов..

Алёна, добро пожаловать к нам на форум в кажестве участника, а не просто стороннего наблюдателя!

В декабре 2009-го нам с Зориком один человек прислал e-mail с просьбой определить
незнакомый трубчатый гриб. Зорик тогда предположил, что это Gyrodon lividus, и автор письма
согласился с определением. К сожалению, он не указал место находки, да и фотографии, закачанные на какой-то
файлообменник, не сохранились. Сейчас написал этому человеку с просьбой вспомнить как можно больше о находке,
надеюсь он ответит.

Ещё один гриб, который не дает мне покоя: предположительный Boletus rhodopurpureus, фотография которого появлялась
на форуме лишь один раз в 2006-ом, и Оля добавила её в описание на сайте http://gribisrael.narod.ru/Species_List/Boletus/Boletus_rhodopurpureus.htm
Вот упоминание на форуме: http://gribisrael.borda.ru/?1-20-0-00000286-000-0-0-1163321487
Tочное место находки не указано (только район Маалота), но на фотографии есть надпись ГАН СЛАИМ (Парк Камней)ץ
Возможно речь идёт об этом месте.
Ирина и Боря определили гриб как Boletus rhodopurpureus.

 Posted: 16.01.13 21:40. Post subject: Рома У меня сохран..

Рома

У меня сохранились эти фотки!

 Posted: 16.01.13 21:59. Post subject: Красавец гриб! Я бы,..

Красавец гриб! Я бы, наверное, приняла его за масленок. Мне казалось, что у гиродона поры более мелкие и с оливково-зеленоватым оттенком. А при прикосновении он цвет менял, тот парень не отмечал изменение цвета?

 Posted: 16.01.13 22:48. Post subject: helga пишет: Я бы, ..

helga пишет:

quote:

Я бы, наверное, приняла его за масленок

отличная идея , возьму на вооружение !

 Posted: 17.01.13 09:11. Post subject: kzit пишет: отлична..

kzit пишет:

quote:

отличная идея , возьму на вооружение !

возьми, только для начала - хорошо ознакомься со сходствами и различиями в макропризнаках данных видов.

 Posted: 17.01.13 18:47. Post subject: Так, понятно, надо е..

Так, понятно, надо ехать обратно, искать паршивца, а то мировая наука меня покусает ))) Обещаю, на неделе смотаюсь. кстати, вот еще два старичка, кои не смог определить, на всякий случай шелкнул. Вроде как бы и говорушка, но пластинки уж больно низбегающие, нехарактерно :

 Posted: 17.01.13 19:44. Post subject: Простите, пожалуйста..

Простите, пожалуйста, и меня, научного сухаря, за занудство. Я ведь писала, что это - моё личное мнение (IMHO), которое совпадает с мнением достаточного количества людей, хорошо разбирающихся в молекулярной биологии. Я знаю, что есть термин рибосомальная ДНК, используются в некоторой англоязычной литературе (я имею ввиду официальную литературу, а не Википедию). Этот термин - абсурдный. И на это достаточное количество причин. Понятие рибосомальный белок и рибосомальная РНК - логичные понятия, т.к. и эти биополемеры входят в состав рибосом. При чём тут ДНК к рибосомам? И почему тогда по такому принципу не называют рибосомальной ДНК участки, которые кодируют рибосомальные белки. Да и почему тогда в термин рДНК включают и участки ITS, которые вообще ничего не кодируют....... Я просто хотела более точно ответить на поствленный Вами вопрос.

 Posted: 17.01.13 19:50. Post subject: Нет, я использовала ..

Нет, я использовала пару праймеров: ITS 1f и ITS 4b. Первый специфичный для грибов, второй - для базидиомицетов.

 Posted: 17.01.13 21:03. Post subject: Простите, я не знала..

Простите, я не знала, что Вы - молекулярный биолог. Азы я писала для того, чтобы поняли все. ССылку скинула просто для примера "что такое ITS" Потом планирую попробовать секвенировать LSU и Ef-alfa.

 Posted: 17.01.13 21:12. Post subject: Рома, спасибо! Но я ..

Рома, спасибо! Но я буду очень редким гостем на форуме, т.к. у меня нет сейчас свободного времени и очень медленный и-нет - постоянно глючит.

 Posted: 17.01.13 21:51. Post subject: Алена, привет Термин..

Алена, привет
Термин "рибосомная ДНК" имеет довольно большой смысл, т.к. структурно тандемы генов рРНК формируют ядрышко...
Я в мол. биологии работаю почти 40 лет, термин этот использовался и используется часто и без проблем в серьезной научной литературе. Сделайте в PubMed поиск на rDNA..
Но бог с ним, это не всем на Форуме интересно.
Удачи в болетусных открытиях!